C6 wurde Anfang 1998 als Schülerzeitung in Mannheim gegründet. Den Namen verdankt es dem Straßennamen der Schule (Mannheim ist in Quadraten angelegt: Quadrat C6). Innerhalb weniger Monate erwies sich das Blatt als sehr erfolgreich: es gewann drei Jahre in Folge mehrere begehrte Preise des SPIEGEL-Wettbewerbs für Schülerzeitungen.

Mit dem Abitur der Chefredakteure im Sommer 2001 wurde aus der Schülerzeitung ein richtiges Magazin. Man beschloss, sich auf die bereits existierende und vielfach gelobte Homepage des C6 MAGAZINs zu konzentrieren und die Printproduktion vorläufig einzustellen. So wurde ein halbes Jahr lang neu strukturiert, neu konzeptioniert und ein eigenes Redaktionssystem (CMS) entwickelt.

Am 15. März 2002 ging das neue Angebot unter der Adresse archiv.c6-magazin.de/06 online. Gefüllt wird es seitdem von einer vierzehnköpfigen Redaktion - dessen Redakteure bundesweit verstreut sind. Die Arbeit findet ausschließlich über das browserbasierte Redaktionssystem statt.